Kimyasal antiseptiklerin mikroplar üzerinde nasil etkili olduklari tam olarak açiklanamamistir. Bu maddeler dogrudan dogruya mikrop hücresine girerek yasamsal islevlerini engelleyebilecegi gibi, mikrop hücresinin dis zarini eriterek de yikici etki gösterebilir. Ne var ki birçok antiseptik normal hücreler üzerinde de ayn etkiyi yapar. Bu yüzden bu maddelerin dikkatli kullanilmasi gerekir. Bazi antiseptikler agizdan alindiginda ya da vücuda siringa edildiginde agir sonuçlara, hatta ölüme yol açabilir.